В Total Commander создайте новое подключение WebDAV (клавиша F7), с нижеуказанными настройками:

Сервер WebDAV: https://webdav.yandex.ru
Имя пользователя и пароль: логин и пароль вашей учётной записи на Яндексе
Обязательно включите соединение SSL (Secure server (via SSL))
Если у вас на Яндекс.Диск есть папки и файлы на русском, то включите URL адреса в кодировке UTF-8 (Send/Receive accents in URLs as UTF-8 Unicode)

Дополнительный материал